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鹿目圆，本来是一位拥有幸福日常生活的平凡人，直至为了解放残酷命运连锁的那天，她赌上身心去改变世界法则，拯救一众魔法少女。因为极度思念而奇迹般保着相关记忆的少女，晓美焰，在重组后的世界继续战斗，并一直盼望彼此带着值得怀缅的欢笑，再次相遇。于这样的一个世界中，魔法少女看到的究竟是希望，还是绝望？

《命运石之门》的TV动画完结后，按业界惯例在最后公布了剧场版制作的消息。其实在播出前，5pb的社长志仓千代丸就在推特上公布了这个消息。剧场版为原创剧情 ，时间点是在故事完结前。

在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。